iPS技术中一直备受关注的是其中的一个致癌基因c-Myc，因为慢病毒载体具有将致癌基因整合到宿主基因组上的风险，因此这也是致癌性成为iPS技术应用到临床上的主要障碍之一。

2009年2月，《Nature》杂志就曾发表一篇文章，质疑干细胞的治疗效果，一名以色列患有运动失调性毛细管扩展症的小男孩因接受干细胞疗法导致脑内出现肿瘤组织，这一事件激起了业界对干细胞疗法安全性的再次关注。

而美国白头医学研究所和麻省理工的研究人员开发出一种新的技术路线，试图消除致癌基因的致癌性。该研究性文章以“Pluripotent Stem Cells Free of Viral Reprogramming Factors”为题，发表在2009年3月6日出版的《Cell》杂志上。

他们首先还是用传统的办法将4个转录因子导入皮肤细胞，4个转录基因都在两端添加loxP序列（一段小的DNA序列），4个转录因子将皮肤细胞成功诱导为iPS细胞。

成功将皮肤细胞诱导成iPS细胞后，在往细胞中导入编码Cre酶的基因。Cre酶能识别皮肤细胞中loxP序列，并将外来基因全部剔除掉。这样一来就免去了对iPS安全性的后顾之忧。而且研究人员还发现，经过Cre酶剔除外来基因的iPS细胞比含有外来基因的iPS细胞更具胚胎干细胞特征，其基因表达情况更与胚胎干细胞更像。